Có hai loại đậu mùa lâm sàng. Loại Variola major là dạng trầm trọng và thường gặp nhất, gây ra sự phát ban rộng hơn và sốt cao hơn. Loại Variola minor ít gặp và ít trầm trọng hơn, với tỷ lệ tử vong vào khoảng 1% hoặc ít hơn.[16] Giai đoạn nhiễm virus variola cận lâm sàng đã được chú ý đến, nhưng không thường gặp.[17] Thêm vào đó, còn có một dạng gọi lại variola sine eruptione (đậu mùa gây phát ban) thường được bắt gặp ở những người được tiêm chủng. Dạng này gây ra sốt sau thời kỳ ủ bệnh và chỉ có thể được xác nhận bằng nghiên cứu kháng thể, hay ít gặp hơn, bằng cách cách ly virus.[17]